Evli ve 3 çocuk babası olan İhsanoğlu'nun Bilim tarihi, Türk kültürü, İslam dünyası hakkında değişik dillerde çok sayıda eseri de mevcut. Ekmeleddin İhsanoğlu'nun babası Müderris İhsan Efendi, İbtidai ve İdari mekteplerinden mezun olduktan sonra bir süre Yozgat'ta Mekteb-i Sultani ve medreselerde okudu. Yozgat'taki dönemin alimlerinden eğitim gördükten sonra, ilim tahsilini daha ileri seviyelere götürmek için önce İstanbul'a, ardından da 1924 yılında Kahire'ye gitti. İhsan Efendi Kahire'deki Ezher Üniversitesi'nde ilim tahsili alıp, bu ülkeye yerleşti. 1938 yılında Kahire'de Rodos Adası Türklerinden Hacıoğlu ailesinden Seniye hanım ile evlenen Mehmet İhsan Efendi'nin Yahya ve Hüman adlı çocukları küçük yaşta vefat etti. 1943 yılında dünyaya gelen Ekmeleddin İhsanoğlu'nun babası İhsan Efendi ise 1961 yılında Kahire'de hayatını kaybedip, Gafir Kabristanlığı'nda toprağa verildi.Ekmeleddin İhsanoğlu, Mısır Ayn Şems Üniversitesi Fen Fakültesi'nden mezun olduktan sonra El-Ezher Üniversitesi'nde akademik hayata başladı. Türk kültürünü küçük yaşta aile çevresinde tanıyan İhsanoğlu, Kahire Milli Kütüphanesi'nde ve Ayn Şems Üniversitesi Edebiyat Fakültesi'nde Osmanlı kültürü ve edebiyatı ile ilgili araştırma ve eğitim çalışmaları yaptı. 1974'te Ankara Üniversitesi Fen Fakültesi'nde doktorasını tamamladıktan sonra, İngiltere'de Exeter Üniversitesi'nde doktora sonrası çalışmalar yaptı. İslâm ve Batı kültürüyle yakından teması olan İhsanoğlu, 1984'te profesör oldu.
Ekmeleddin İhsanoğlu, 24 yıl boyunca İslam Konferansı Örgütü (İKÖ) İslâm Tarih, Sanat ve Kültür Araştırma Merkezi'nin genel direktörlüğünün yürüttü. Bu görevinin yanı sıra İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Bilim Tarihi Bölümü ile Türk Bilim Tarihi Kurumu'nun başkanlığını ve İstanbul Üniversitesi Bilim Tarihi Müze ve Dokümantasyon Merkezi müdürlüğü görevlerinde bulundu.
Ekmeleddin İhsanoğlu'nun Yozgat'ta yaşayan akrabaları bulunuyor. Yozgat'a ilk kez 2009 yılında davet üzerine gelen İhsanoğlu, sonraki yıllarda yine geldi. Yozgat eşrafından olan dedesi Hacı Aziz Bey'in yaptırdığı tarihî Ağvanlıoğlu Hacı Aziz Konağı'nı Bozok Üniversitesi'ne bağışlayan İhsanoğlu, Bozok Üniversitesi tarafından kurulan 'Tarih ve Kültür Araştırma Merkezi'ne 10 binin üzerinde kitap, hat ve el yazması eserlerden oluşan kendi özel arşivini bağışladı. Bozok Üniversitesi Senatosu, İslâm Konferansı Teşkilatı (İKT) Genel Sekreterliği yaptığı sırada Prof. Dr. Ekmeleddin İhsanoğlu'na yaptığı bağışlardan dolayı teşekkür edip, 'Tarih Fahri Doktoru' unvanı verdi.
Bozok Üniversitesi'nde 'Prof.Dr. Ekmeleddin İhsanoğlu Tarih ve Kültür Araştırma ve Uygulama Merkezi'nin temeli ise 20 NHisan 2013'de TBMM Başkanı Cemil Çiçek, Başbakan Yardımcısı Bekir Bozdağ ile dönemin İslam İşbirliği Teşkilatı Genel Sekreteriolan Prof. Dr. Ekmeleddin İhsanoğlu'nun katıldığı törenle atıldı. Bu törende bir konuşma yapan İhsanoğlu'nun, 100 yıl önce Kahire'de babası tarafından başlatılan kitap koleksiyonunu kendisinin sürdürdüğünü ve bunları babasının vasiyeti üzerine üniversiteye bağışladığını söylemişti.
Dönemin İslam Kalkınma Konferansı Örgütü Genel Sekreteri olan Prof.Dr. Ekmeleddin İhsanoğlu, Bozok Üniversitesi Senatosu tarafından kendisine verilen fahri doktora unvanını almak üzere 2011 yılında memleketi Yozgat'a gelmişti. İhsanoğlu burada yaptığı konuşmada, Ortadoğu ülkelerindeki olaylar ve El Kaide lideri Usame bin Ladin'in öldürülmesiyle ilgili de açıklamalarda bulunmuştu. Prof.Dr. İhsanoğlu o konuşmasında, "Usame bin Ladin ve kendisine bağlı olan grup bir çok masum insanın ölmesine sebep olmuştur. Biz teşkilat olarak ve ben genel sekreter olarak terör aktivitelerini telin ettik, kınadık. İslamiyet hiçbir zaman bu gibi cinayetlere cevaz vermediği gibi, bunları reddeden bir değerlerin olduğunu söylüyoruz. Buna bağlı olarak şunu belirttik. Terörizmle mücadele, teröristi öldürmekle bitmez. Terörizmle mücadele terörizmin sebeplerini, terörizme sebebiyet veren faktörlerin ortadan kaldırılması, bunlar arasında da siyasi haksızlıkların giderilmesidir" diye konuşmuştu.
TERÖRİZMLE MÜCADELE TERÖRİSTİ ÖLDÜRMEKLE BİTMEZ
Yozgat'da basın mensuplarının sorusu üzerine Usame bin Ladin'in öldürülme haberlerini de yakından takip ettiklerini de belirten Ekmeleddin İhsanoğlu, şöyle demişti:
"Bu durumu terörizmle mücadele konusunda yeni bir dönemin başlangıcı olarak görmek isteriz. Tabi Usame bin Ladin ve kendisine bağlı olan grup, bir çok masum insanın ölmesine sebep olmuştur. Biz teşkilat olarak ve ben genel sekreter olarak terör aktivitelerini telin ettik, kınadık. Bizim bu konudaki ilkeli pozisyonumuz bellidir. İslamiyet hiçbir zaman bu gibi cinayetlere cevaz vermediği gibi, bunları reddeden bir değerlerin olduğunu söylüyoruz. Buna bağlı olarak şunu belirttik. Terörizmle mücadele, teröristi öldürmekle bitmez. Terörizmle mücadele, terörizmin sebeplerini, terörizme sebebiyet veren faktörlerin ortadan kaldırılması, bunlar arasında da siyasi haksızlıkların giderilmesidir. Gasp edilen meşru hakların sahiplerine riayet edilmesi şeklindedir. Bunlar bir bütün olarak ele alınmadığı zaman, terörizm hadisesi teröristleri tek tek öldürmekle halledilmeyecektir. Tabu bu benim söylediğim sözlerden, terörizmle güvenlik mücadelesi ve askeri müdahale yapmayalım manası çıkmamalı. Bunlar devam ederken bu olaya bir bütün olarak bakmayı da ihmal etmeyelim."
Cumhuriyet